A cada particion se le asigna una letra
C: Particion primaria del primer disco duro
D: Particion primaria del segundo disco duro
E: Particion logica dentro de la particion extendida del primer disco duro
...
Y por ultimo las particiones logicas de la extendida del segundo disco duro
Cuando formatees borraras la particion indicada.
ASEGURATE DE SU NOMBRE ANTES DE BORRARLA
Te recomiendo que uses
FORMAT H: /U
(Para formatear la unidad H:, el /U hace que el formateo sea completo detectando sectores erroneos y marcandolos)
Unos cuantos consejos:
-Pon como disco duro principal el mas rapido, es decir el mas nuevo.
-Crea particiones, recomendable de no mas de 8 GB o 16 GB si usas FAT 32
Suerte.