Te has enterado de más cosas que la mayoría de lo que deduzco que has leído bastante por lo que te mereces que te echen un cable.
Los slot 2, a mi juicio, son mejores que los slot1, básicamente porque pueden por ellos mismos ejecutar juegos de las dos plataformas NDS y GBA. Cierto es que para NDS se requiere el pass o tener la consola flasheada, pero para lo que es la ejecución propiamente dicha de los juegos sólo requieren un dispositivo. Yo, por ejemplo, con mi M3 Perfect y la consola flasheada no tengo que usar nada más para tener ambas plataformas.
Lo que ocurre es que a día de hoy, la gente ya se ha olvidado de flashear y prefiere el slot1 porque simplifica las cosas (parcheo, sin pass, ahorro de batería...). Sin embargo lo hacen a costa de GBA y es algo que hay que valorar mucho y con mucho cuidado.
En estos días acaba de salir al mercado el primer flash de slot1 compatible con GBA, es el EZ V triple pack, pero realmente no es la solución ya que lo que hace es traer dos dispositivos en un pack (lo de triple va por otra cosa) que hacen lo mismo que un pass+slot2, con lo que seguimos teniendo dos aparatos. ¿Qué tiene de especial? a mi juicio poco, solo puedes cargar las roms de una en una, el proceso es lento y se requiere de parcheo previo, para eso mejor un pass+slot2, así de simple.
Si optas por un Slot 1, M3 y R4 son sobre el papel idénticos, aunque hay algunas diferencias que , siempre según mi opinión, tarde o temprano van a aparecer.
¿Qué Slot2 es mejor? Pues todo depende. Unos te dirán que el EZ IV por precio, otros que la Supercard por compatibilidad con Homebrew y otros que el G6 por la memoria flash más rápida. Yo me quedo con el M3 Perfect porque lo considero más equilibrado en todos los aspecto, pero eso sí, es más caro. De todas formas, si vas a usar GBA, yo creo que cualquier flash slot 2 (siempre que no sea de la linea Pro en M3 o Compact en EZ) te dará un buen resultado salvo Supercard, que con GBA va un pelín mal.