Pues tienes varias formas de hacer funcionar el programa...
1º- Lo pasas via FTP a la carpeta app de E o F
2º- Pasarlo a un pendrive y con el adaptador xbox<>usb lo pasas a la carpeta app de e o f otra vez xD
3º- Quemar un DVD-r compatible con tu lector en modo dvd udf - compatibilidad con xbox
4º- Subiendolo a internet por ejemplo a megaupload, conectando la xbox a internet y con linux te lo bajas y lo descomprimes en E o F xDDD
Yo lo hago por FTP o con un pendrive
Edito: Hay muchos tutoriales de cómo hacer todo lo que te he dicho así que... si aún no lo has pillado, a buscar tocan xD
Edito 2: Yo el primer dia de tener la xbox (hará un mes) ya la conseguí conectar por FTP gracias a los tutos de EOL... y a la semana ya le cambié el exploit y el deshboard sin tener que preguntar, así que por información no será