El modo normal te pasa los ficheros, es mas rápido y ocupa menos, pero algunos juegos (muy pocos) no funcionan asi en el disco duro.
El modo iso te pasa la iso completa lal disco duro, tarda mucho mas, ocupa mucho mas y ademas solo funciona si tienes exploit uxe+nkpatcher o ndure, tiene la ventaja de que absolutamente todos los juegos funconan bajo este modo.