El problema esencialmente es que la activación de los certificados es engorrosa en todo caso (tanto el certificado digital de la FNMT como el que lleva incorporado el DNIe) pero al menos, cuando instalas el certificado digital en un PC, ya no tienes que preocuparte de más cosas hasta que te caduque, y resulta cómodo de usar.
En cambio, para usar el DNIe tienes la misma incomodidad, y además el añadido de que si lo quieres usar en otra parte, requieres un lector de tarjetas compatible y reinstalar el software otra vez, en caso de que no lo hayas hecho previamente.
Por tanto, la pura comodidad te lleva a utilizar certificado digital exclusivamente en vez del DNIe. Aparte, por seguridad, yo tiendo a hacer todos mis trámites electrónicos en una sóla máquina, que gestiono yo y por la que respondo de su seguridad. No me gusta que mis certificados se usen en diferentes máquinas, llamadme exagerado.
Cuando todo marcha, la verdad que es una gran comodidad poder hacer los trámites telemáticamente, presentar las declaraciones del IVA, IRPF, etc desde tu casa sin tragarte colas, es una maravilla.