Eliminar archivos "inservibles" de 3ds modificada

Hola, tengo una new 3ds XL liberada con micro sd de 128g. Resulta que apenas puedo instalar archivos cia nuevos porque parece que he excedido el limite de 300 apps, pero os aseguro que tengo muchas menos. Cada vez que creo una nueva carpeta me sale un número en la carpeta como si ya tuviera creadas muchas más, que ya borré anteriomente. Creo que se han quedado muchos archivos sin borrar del todo, y quisiera saber si hay alguna aplicación que pueda borrar esos archivos de forma segura, sin brickear la consola. O en su defecto hacer una especie de borrado total, sin perder el custom firmware, aunque tenga que instalar todos los juegos otra vez y los programas. Gracias.
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