Efectivamente, todo absolutamente correcto
(por cierto, stage2 lo puedes cargar más o menos donde quieras, no tiene dirección de carga fija).
Realmente ahora desde Windows te vas a comer mucho el tarro para conseguir arrancar Linux, porque te toca montarte un servidor TFTP y NFS (la otra opción es boot nativo desde HDD, pero ahora mismo eso es sólo HDD completo, es decir, lógicamente eso no es compatible con tener XMB instalado). Osease que el resto me toca a mi, que por desgracia ahora ando parado, pero pienso retomarlo en un futuro cercano.
Por otro lado, he descubierto hoy que grub1 tiene soporte UFS2 (el sistema de archivos de GameOS) y de grub1 es de donde pienso pillar prestados los módulos de sistema de archivos, así que casi me atrevo a decir que cuando termine fijo que tendrá soporte para cargar kernel y kboot.conf desde la partición de GameOS (y podrías montar el rootfs allí también, con un archivo loopback, tal y como comentabas, ya que Linux también tiene soporte, y sin formatear nada).
El link el git que contiene dtc lo tienes en el readme, por si quieres trastear
(también necesitas xz-utils, pero eso sospecho que lo tendrás como paquete en cygwin).
Desde mi punto de vista lo único que te queda a ti por hacer es sacar una herramienta en plan para el usuario de a pié que le permita hacer lo que acabas de hacer con un stage2.bin de su antojo, y listo