Estooo, olvidar el problema. SOY IDIOTA!!!
Envez de hacer click secundario sobre la rom en el gctool y poner reemplazar archivo, lo hacia con "tools/replace dol" que era la única manera que veia de reemplazar algo. Ahora ya se hacerlo, como la otra vez.
Y por cierto... No van solo Mario Kart y Mario 64.
Que graben solo he visto versiones de Mario 64 y Star Fox, pero van muchos otros juegos como Yoshi Story, Mario Party, ISS, Wave Race,... (hay un tema de compatibilidad en la recopilacion, discutirlo allí)