Los emuladores de Nintendo son simplemente penosos... no te esperes mucho de ellos. Fallos de sonido en la MegaDrive, bajones de frames en los de NES... aparte de que los juegos son versiones NTSC pasadas a PAL para forzarlos a rular a 50Hz, lo que hace que se vean mal.
Prueba los emuladores libres, como el SNES9xGX...