Tu decides cuanta prisa tienes, a mi personalmente me gusta más el de Wii por lo del control del arco, del boemerang, del gancho y demás, lo de apuntar con el mando de Wii es otro mundo, es infinitamente más preciso.
Como te han dicho también está lo de que en Wii puedes verlo a 16:9, y el mundo está invertido.
Otras diferencia es el control en las diferentes prueba que te encontraras a lo largo del juego, por ejemplo la pesca en Wii se realiza moviendo el Wiimote como si de una caña se tratara, hasta tienes que recoger el sedal escribiendo círculos con el nunchaku.
Por otra parte la versión de Game Cube cuenta con la ventaja de poder controlar la cámara libremente con el joystick derecho, es lo único que eché en falta en Wii.