No, la historia no varía para nada, las misiones son semi-dependientes. Hay unos 3-4 grupos y las misiones van apareciendo una vez completes la anterior de ese grupo. Si primero completas el modo historia sin hacer ni 1 misión extra, pues da igual, si sigues jugando podrás ver las historias secundarias.
Lo del icono que te falta es normal, tiene que ser el 3º de los jagd's.
Soleboneco, a pesar de lo que te digan en el juego, no es necesario ni recomendable pelear con todos los clanes que paseen por el mapa, el juego se te puede hacer interminable....; con limitarse a las misiones y liberar las zonas que te atacan ya es más que suficiente.