@Shock_resist A ver, todo dependerá del firmware en el que esté la New 3DS que te pilles:
A) Firmware 10.7 o inferior. Podrás hacer downgrade para estar en 9.2 y así instalar un custom firmware y jugar a los backups a través de .cia (como un exe ejecutable para 3DS). Este método para jugar online no requiere de hacer nada más, ya que al instalar un juego por .cia se genera una cabecera privada para así evitar el baneo.
B) Último firmware 11.0. Sólo te quedará como opción comprar la flashcard Sky3DS+ para poder cargar backups de 3DS (la Sky3DS+ funciona en CUALQUIER versión de firmware, pero es la única manera de jugar a backups si tu versión es la 11). Su precio ronda los 63€ (en Aliexpress), aunque existen otras webs donde adquirirla pero su precio aumenta (hasta 84€ por Digibay). En caso de querer jugar online tendrás que conseguir una cabecera privada, para ello necesitarás un juego físico y un aparato llamado Power Saves con el que extraer la cabecera privada y jugar sin riesgo de ser baneado.
Yo por ejemplo tengo la New 3DS XL en firmware 11.0, así que uso Sky3DS+ para cargar backups. Su uso es increíblemente sencillo y cómodo (drag and drop) y no requiere de complejos tutoriales ni tener que trastear con la consola para que funcione. También adquirí un Power Saves y el online en mis backups funciona de maravilla.
Cada método ofrece sus ventajas e inconvenientes. Si quieres explotar al máximo las opciones de tu consola lo suyo es instalar un custom firmware que te abrirá las puertas a un mundo de homebrew con el cual exprimir al máximo la consola, pero ello supone tener que instalar el customfirmware, hacer downgrade en caso de ser necesario y usar diferentes aplicaciones / programas que tendrás que informarte a través de tutoriales. Si no estás acostumbrado a trastear con consolas puede ser un mundo algo complejo para ti y te surjan mil dudas.
La ventaja del método B sin duda es la comodidad y rapidez. Has de pagar dinero extra por comprar la flashcard, pero si te gusta la rapidez, inmediatez y comodidad es sin duda el método que más recomiendo.
Yo sinceramente para carga de backups prefiero el uso de flashcards, pero sí es cierto que me interesaría poder instalar un custom firmware para según que cosas, como por ejemplo poder cargar backups de juegos de la eShop, siendo el custom firmware el único método posible para cargarlos a través de backups.
Espero haber resuelto tus dudas.