@adictto3ds La transferencia la puedes hacer sin problemas, incluso con las consolas modificadas. Lo tuyo sería más o menos así:
1- Modificar la New3DS para que quede con SigHax y Luma.
2- Actualizar ambas consolas a la versión 11.8 (en el caso de la Old sería que actualices la EmuNand), ya que es requisito para transferir.
3- Realizar la transferencia desde la EmuNand de la Old a la SysNand de la New.
Puedes elegir que se transfieran los datos de la SD en el proceso o copiarlos manualmente. En todo caso te recomiendo que hagas un backup previo de los datos de la SD de la OLD.
Tras haber hecho la transferencia puedes pegar los datos directamente en la microSD de la New, o si lo que vas a hacer es usar la misma SD de la Old en la New entonces la formateas antes de volver a ponerle los datos respaldados (para quitarle la EmuNand y liberar ese espacio).
Edit: Supongo que la consola que tienes actualmente con EmuNand (la OLD) está con SigHax y Luma, o si no es así entonces con cuál método y cuál CFW la cargas? Es que si es alguno muy antiguo posiblemente no sea compatible con la versión 11.8 y te ponga problema al actualizar la EmuNand, por lo que te tocaría pasarte a SigHax y Luma 9.1.
Saludos
@Darkslider Ya te he dicho que tienes dos opciones:
1- Borrar toda la carpeta "3ds" y crear una nueva con los homebrews que necesitas (tendrías que volver a descargarlos y ponerlos ahí dentro).
2- Entrar a la carpeta "3ds" y borrar una por una las carpetas con nombres de homebrews que no necesites.
PS: Si tienes Luma 9.1 ya no hace falta tener instalado aparte el HBL en versión cia. Simplemente se puede escoger cualquier app instalada para abrirlo desde ahí (gracias al menú Rosalina). Todo eso se explica en los últimos numerales del paso 2 del tutorial de SigHax... Aunque tampoco hay problema por usar el HBL cia.
Saludos