@dryx13 Lo primero es revisar el estado de la SD que tienes y si estuviera dañada mejor cambiarla.
En cuanto a los archivos, la verdad es algo complicado que al pasarle algún programa de recuperación logren quedar de forma idéntica a como estaban antes (lo más posible es que muchos archivos se hayan corrompido o se hayan perdido). Lo único que podrías intentar es a reinstalar los juegos que se te han perdido (o los que te interesa sacar sus partidas) y tras instalarlos pasarle un gestor de saves a ver si al menos las partidas están intactas, pero eso sería una lotería ante una probable corrupción de archivos a nivel general. De todos modos, no tienes nada qué perder con intentar.
En cuanto a la NAND, para este caso como tal no es útil, pues las partidas guardadas de juegos de 3DS se almacenan en la SD (específicamente en la carpeta "Nintendo 3DS"). Saludos
@Minisergi Y cuál es la versión de Luma que te marca al encender sin la SD puesta y manteniendo presionado el botón SELECT? Ya que de ahí sabremos cuál tipo de modificación tienes
Si tienes una versión mayor o igual a 8.0 entonces sería que hicieras lo del enlace que te había indicado antes:
wiki/Instalar_Sighax_y_Luma3DS?iframed#PASO_2:_Instalar_Luma.2C_FBI_y_Homebrew_launcherSi es menor, entonces tienes que hacer lo que se indica acá (teniendo en cuenta que si es versión de Luma 7.1 será SigHax 1.0, y si es menor entonces será A9LH):
wiki/Instalar_Sighax_y_Luma3DS?iframed#Anexo_1:_Actualizar_de_ARM9LoaderHax_a_SigHax_o_Actualizar_SighaxTambién te recomendaría que, posteriormente, hicieras el anexo para lo del encendido sin necesidad de SD (esta vez, para actualizar el Luma que tienes al encender sin SD):
wiki/Instalar_Sighax_y_Luma3DS?iframed#Anexo_4_.28Opcional.29:_Encender_la_consola_sin_tarjeta_microSD.2FSD_insertadaTras de eso ya será bastante probable que puedas acceder a la última versión del GodMode9 sin problemas, y usar los scripts o lo que haga falta para poder realizar la copia de la NAND.
PS1: La SD que uses para la consola debe estar en formato FAT32 sí o sí (con clústeres de 32kB, normalmente).
PS2: Si quieres reforzar algunas cosas que puedan haberse escapado, te recomiendo leer la sección de preguntas y problemas de la Guía para Novatos:
wiki/Gu%C3%ADa_para_Novatos_en_la_Scene_%28Nintendo_3DS%29?iframed#Preguntas_y_problemas_frecuentesSaludos