Para el problema que tienes, a windows le da igual si vas y eliminas la particion y creas una nueva, o que hagas un secure erase.
La unidad de asignacion, no tiene nada que ver con el alineado, el alineado se hace al crear la particion, como he dicho, si quieres algo rapido y facil, cuando estes en el DVD de windows7, donde seleccionas el HDD para instalar, elimina la particion o particiones que tengas en el SSD, y simplemente deja que windows cree la particion como crea necesario.