En principio te diría que es por que en Windows tienes puesta la administración de energía en máximo rendimiento, pero si dices que lo has comprobado, el otro sito donde puedes mirar es en la Bios en una opción que se llama Cool & Quiet, que debería estar en automático. Esta opción se desactiva si tocáis opciones en la bios, como quitar el turbo, modificar el multiplicador o puede que incluso al tocar los voltajes. A parte mirar si tenéis algún programa especifico de los que viene con las placa base que pueda tocar algo de las frecuencias y del rendimiento.