1 .- La compatibilidad practicamente se podria decir que es la misma.
2 .- Si tienen reloj interno.
3 .- El G6 es mas rapido.
4 .- Los dos requieren de un parcheador para poder usar las roms.
5 .- Los dos graban las partidas sin cosas raras.
6 .- Si usas la carcasa lite si son demasiado pequeños pero tengo entendido que tanto M3Lite como G6 tienen incluida una carcasa para usarlo en un GBAM, GBA, GBASP, etc... solo que antes de comprar pregunta porque inicialmente el M3L no lo tenia y solo las nuevas remesas lo tienen (del G6 no estoy seguro pero creo que tambien la tiene)
Pd: yo te recomiendo M3!!!