Hacia la parte posterior. El aire de ese ventilador es caliente porque pasa por el metal del disipador y lo refrigera, calentándose en el proceso.
Y lo ideal es que en la parte trasera tengas un ventilador en la caja que expulse hacia fuera el calor. O alguno en la parte superior, porque al estar caliente ese aire tiende a subir y se puede sacar por allí también.
Si alguna vez diriges aire hacia los discos y memorias, se suele hacer desde el frontal, para coger aire fresco de fuera, o desde algún lateral.
Saludos