si el video del MKV es compatible, da igual el que uses, los dos haran un cambio de indice y mantendran el video y el sonido tal cual, aunke a veces el tsmuxer le mete un retardo al audio que puede volverte loco, para lo cual se pueden probar dos cosas:
-calcular a ojo el desfase y ponerselo al programa para que lo corrija (ahora busco un programa que me suena que dice el retardo justo)
-o cambiar los FPS del video a 25... con esto se me han solucionado un par de videos que se desfasaba poco a poco mas y mas...
si realiza solo el cambio de indice (contenedor que se llama) tardara unos pocos minutos... 5 o menos.
si cuando se haga ese cambio no se ve, tendras que hacerlo con el MKV2VOB, que si lo transforma puede durar horas...
la mejor calidad lo da el x264, mayor calidad con menos datos, ya que si usas por ejemplo MPEG2, puede ke necesites 3 o 4 veces mas datos para conseguir la misma calidad que con x264.
el mpeg2 lo hace rapido, pero el x264 si que se tira sus buenas horas... a mi por ejemplo el caballero oscuro me tardo unas 12 horas con un core2duo a 2,1 Ghz creo que tengo...
RESPUESTA AL EDIT
: rotundamente no... deberia tener como poco componentes, el rojo, azul y verde, de hecho, si miras la resolucion a la que se pone la tele con el disco duro, supongo que sera 576i o p...