$ pacman -Qqo /bin /sbin /usr/sbin | pacman -Qm -
Te muestra que paquetes no perteneciente a los repositorios tienen ficheros instalados ahí (basicamente ficheros instalado a través de aur). Mi consejo es que trates de actualizar esos paquetes, y si aun siguen quedando ficheros los muevas a mano
$ find /bin /sbin /usr/sbin -exec pacman -Qo -- {} + >/dev/null
Te indica que ficheros tienes instalados ahi no pertenecientes a ningún paquete (ficheros instalados por otros medios, no a través de pacman) Tambien los deberías de mover
Si te quieres asegurar, el comando pacman -Qo ruta_del_fichero te indica a que paquete pertenece ese fichero.
filesystem pide que no existan /bin /sbin /usr/sbin, en mi caso, aun sigo usando grub-legacy y este tiene ficheros en /bin y /sbin, al moverlos a mano, aun seguía existiendo /bin y /sbin, por lo que los tuve que borrar.
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De todas formas si tienes ficheros no correspondientes a ningún paquete, haz memoria y piensa que instalaste a mano...
Si los sigues necesitando, pues como indica la noticia, muevelos a /usr/bin