Todo comienza en una nueva situación geográfica y en una época posterior a la que revivimos en el anterior Assassin's Creed. Ahora datamos el año 1511 y nos situamos en la antigua Constantinopla (ahora conocida como Estambul) donde Ezio Auditore comienza su nueva aventura. Para ello partimos en la ya conocida Masyaf (ciudad donde tenía lugar el 1er Assassins con nuestro querido Altair) donde el mismo Altair escondió en una librería un peligroso artefacto, que si cayese en manos equivocadas, provocaría la desaparición de los Assassins. No nos lo pondrán tan fácil, y para poder abrir dicha librería tendremos que desbloquear 5 cerraduras, de las cuales sus llaves estarán repartidas por toda Constantinopla.
En dicha ciudad encontraremos grandes monumentos como la catedral de Santa Sofía, el Acueducto de Valente, la Mezquita de Bayaceto, el Palacio de Topkapi, la Torre de Gálata y la Torre Leandro.
Además de entrar en la ciudad y buscar las llaves, tendremos que ayudar a paliar el conflicto otomano formado entre Ahmed y Salim, hijos del sultán Bayaceto II por la sucesión en el califato, y a su vez, deberemos convivir con las distintas civilizaciones que ahí coexisten, como son las de los bizantinos y los propios otomanos, lo cual nos dará mas que un quebradero de cabeza, puesto que no se llevan muy bien que digamos (temas de invasiones, hurto de tierras, guerras... y ese tipo de cosas con poca importancia).
Conoceremos ciudades como Roda (isla en la cual existe un gigantesco bastión en el que otomanos, templarios y assassins luchan por el control) y Capadocia, donde viven una enorme civilización subterránea con miles de personas pululando por sus calles y mercados. Aquí disfrutaremos como enanos puesto que los desarrolladores del juego han puesto especial hincapié en este modo de jugar, puesto que los túneles en el techo filtran la luz y dan un ambiente único.
En cuanto a novedades en el juego, tendremos la posibilidad de recorrernos todas las ciudades como en las anteriores entregas, solo que ésta vez Constantiopla estará dividida en 4 distritos, cada uno de ellos con una arquitectura muy distinta, y en los que podremos escalar monumentos tan conocidos como la famosa catedral de Santa Sofía.
Tendremos la posibilidad de seguir haciendo grande nuestra hermandad y podremos entrenar a nuevos asesinos como en "la Hermandad", tendremos 2 nuevas opciones de juego llamadas "Guarida de los Asesinos" desde donde podremos dirigir a nuestros asesinos y controlar y administrar los distritos que estén bajo control de los templarios. La otra opción de juego se llama "Secuestro" y es para el multijugador donde tendremos que llevar 1 cofre durante el máximo tiempo posible. En este modo de juego por fin podremos crear un personaje a nuestro gusto con las armas que queramos, la ropa e incluso colocarle emblemas que nos gusten.
En cuanto a las nuevas armas y habilidades de Ezio, nos encontramos que en su hoja oculta se le ha añadido una modificación otomana en forma de gancho la cual no solo nos permitirá matar a nuestros enemigos, sino que podremos movernos mas rápido utilizándola a modo de tirolina.
Y esto no es todo, Ezio ha mejorado su arsenal y ahora podrá crear bombas utilizando "ingredientes" que encontremos por la ciudad, las cuales podrán servir tanto para actuar como señuelo para los que nos persigan, como para lanzar pinchos y frenar la carrera de los enemigos.. etc, tendremos un sinfín de combinaciones que harán de cada uno, todo un MacGyver de la época. Además ahora tendremos el "Sentido del Águila" que será una evolucion de la Vista de Águila y nos permitira encontrar a nuestros objetivos, hacia donde se dirigen y de donde vienen, e incluso podremos detectar entre la multitud la existencia de algún traidor.
Como conclusión añadir que se seguirá la trama de Desmond tratando de ayudarle a salir del coma en el que quedó en la última entrega, resolviendo unos acertijos bastante complicados que jugarán con las perspectivas e ilusiones opticas de la mano del pintor René Magritte y del matemático Roger Penrose. Ademas decir que jugaremos con Altair en alguna misión para ayudar a Ezio a seguir adelante en su búsqueda de las llaves.