Yo no lo puedo confirmar al 100%, porque no tengo la base de carga, pero casi seguro que no sirve con la funda TPU de Hori.
La parte de abajo tiene una especie de agarre que va junto a los botones (L, R, etc.), infrarrojos, conector de carga, y la muesca para poner una correa. Supongo que eso molestará para ponerla en la base de carga y no hara buen contacto.