Scream, lo de incapacitar enemigos a mi me pasó exactamente igual y me tocó empezar una partida nueva.
Si tienes el 99% y en el mapa te sale todo al 100%, lo más seguro es que te falte algo por recoger en la zona Bunker del acantilado, que es la única que no tiene viaje rápido, y a la que tienes que llegar desde la Playa del naufragio.
Lo de las mejoras lo puedes hacer en Poblado de Chabolas. Justo al final del poblado, donde cruzas el río, a la derecha del todo, hay una zona con un respawn infinito de gallinas. A mi me faltaban 2000 restos para completar todas las mejores y me los saqué en media hora.