Efectivamente, se hace después, una vez ya tienes el archivo .3ds.
Tened cuidado porque hay casos en los que la rom no funciona si está trimmeada (muy pocos, pero los hay), a mí me pasó con el Pokémon Y y el StarFox 64 3D, da "Fragmentation error" y no carga el juego. Si sucede, solucionarlo es tan sencillo como volver a abrir el programa, seleccionar la rom en cuestión y darle a "CCI > Restore CCI", que os vuelve a dejar la rom sin trimmear, y con eso ya tiene que funcionar perfectamente.