A mi me ha pasado lo mismo y con el zelda MM, eso si, después de grabar, he apagado la consola y he cambiado la sd, y al poner la sd del zelda ha puesto un save bastante mas atrasado del que tenia.
Acabo de probar algo, cuando se hace un save en una partida, cuando sales del juego hay que cambiar de juego si quieres cambiar la sd o quitar el cartucho, para que se grabe bien la partida.