Buenas!
Por pasos:
1.- No, tienes que ir quitándolo y poniéndolo, si el juego no es compatible, ni lo reconoce.
2.- Es MUY cómodo de coger, es más, para mi es incluso más cómodo con el 2º stick que sin, pues le da más ergonomía y anchura a la consola, sobretodo por detrás.
3.- Una revisión con 2º stick tardará, y parece ser que bastante.
Espero haber sido de ayuda, a todo esto, sólo decirte que si tienes posibilidad de 3DS + Circle pad + Re: Revelations, no te arrepentirás lo más mínimo xD