Sí que es posible, la 3DS es compatible con DS. En el tema de flashcarts, las que son actualizables y compatibles con DSi lo suelen ser también con 3DS, simplemente tendrás que tener en cuenta que cada vez que salga una actualización tendrás que esperar a que el equipo de tu flashcart saque su actualización correspondiente para actualizarla antes que la consola y que no quede capada al estar en el último firmware. Si todavía conservas una DS tocha o Lite, puedes hacer la actualización en esas consolas sin problema, en ese caso puedes actualizar sin miedo la 3DS y ya pondrás la flashcart al día con la consola vieja.