Yo también tengo esa versión, oparrulo20. Lo había probado como tú y tampoco iba. Pero es que no es así.
No tienes que cambiar el controller.ini, eso es solo para el mando que conectes por USB, de modo que usa el mando por USB que tuvieras (p. ej., el controller.ini de un mando de PS3) e inicia el juego que sea. Lo de conectar mandos por Bluetooth va aparte de eso. Así, cuando arranque el juego ya enciendes el Wii U Pro Controller y se sincroniza. Eso te permite no solo usar el mando que tuvieras ya sincronizado por USB, sino también cualquier otro por Bt; no solo el Wii U Pro Controller, que sí que funciona, sino cualquier otro Bt aparte del USB (es decir, permite multiplayer). Por lo menos te garantizo que eso funciona, no sé más porque no he tenido tiempo de probar más.