Pues yo he probado los emulador de gpsp y mgba tanto en cia como en 3dsx y no veo ninguna diferencia. Funcionan ambas versiones a 15-45 fps.
Supongo que el que este compilando los codigos de retroarch tendrá una n3ds con firmware 9.3+, porque como he comentado mas atras, van mejor las versiones 3dsx que las cias. Quitando el caso de picodrive y psx.
En cuanto al emulador interno, todas las roms que he probado van perfecta, eso si, me mata que se reinicie la emunand a sysnand cada vez que se carga un juego de gba. Los juegos parcheados tambien me funcionan, como el save+time fix de pokemon rubi y similares. Lo que tienes que tener especial cuidado para que funcionen roms modificadas de gba es con la configuracion del archivo ftr.
Por ejemplo, para que funcione el Yggdra Unions USA o EUR tienes que usar la configuracion ftr de la version JAP.