Si después de instalar algo puedes borrar el cia, es porque se queda instalado. Lo que si tienes que hacer es cargar el cfw cada vez.
Yo tengo las nands sin separar, el mset de gateway para no perder el save de pokemon-y, y el de rxtools para los cias (con la misma emunand) y el único problema es que un juego japonés me pide abrir el regalo cada vez que entro en rxtools. Supongo que falta pasarlo a región free, pero la 3ds se la ha llevado de vacaciones.