Si ya tienes preparado el cd de Linux con tu eeprom dentro, no tienes que hacer nada más con el disco duro. Ni formatear en NTFS ni nada de eso.
Directamente conecta el disco duro en IDE1 como master y arranca con el cd de Linux. Dale a "Make XBOX hd from scratch". Y luego para bloquearlo tienes que hacer hotswap para que la bios no reconozca el disco, entonces ya lo puedes bloquear con tu eeprom.