Cuando faltas al trabajo, aunque sean unas horas, debes poder justificarlo de alguna manera, puesto que en caso contrario la empresa está en su derecho de sancionarte, ya sea con una falta leve, grave o, incluso, muy grave, por acumulación de faltas injustificadas.
Además, independientemente de que justifiques la falta o no, está en su derecho de no pagarte el tiempo que hayas faltado al trabajo, a no ser que esté obligado por el convenio colectivo y/o tu contrato.
En el caso de una baja médica por enfermedad común, como puede ser esa alergia o la gripe, si el convenio no lo remedia, los tres primeros días no se cobra absolutamente nada.
Si el convenio colectivo obliga a la empresa a pagarte parte o el total de lo que te corresponda como si hubieras ido a trabajar, lo hará, pero ese dinero está exento de cotización, y la empresa, para poder recuperar esas cotizaciones, necesita sí o sí un parte de baja médico expedido correctamente en la Seguridad Social, así como los posibles partes de confirmación de baja, y el correspondiente parte de alta.
Otra cosa es que, según la empresa, se conformen con un simple justificante en el caso de que faltes solamente uno o dos días, y no tramiten la correspondiente baja en las cotizaciones a la Seguridad Social (con lo cual están pagando sin tener por qué).
La responsabilidad de dar las bajas médicas, las confirmaciones y las altas es exclusiva del médico, que para eso es el que las firma. Si él considera que no estás enfermo, y tú que sí, no te queda otra que impugnarlo en la Inspección Médica.