Yo tengo ds3, ds4, x360 controller, un chinorris usb imitacion de snes y me acabo de comprar la semana pasada un 8bitdo Sf30.
Todos funcionando de lujo automáticamente con retroarch ya sea por bluetooth como por usb.
La verdad es que depende de que sistemas vas a usar. Si vas a usar n64 y psx necesitaras (o no, yo juego al rayman y los crash con la cruceta) algo mas tipo dualshock o clon por el tema de los analogicos y gatillos. Sino, si vas mas a lo clasico te sirve con uno tipo snes.
Luego ya esta el tema de que si cables o bluetooth y las manias personales.
Por ejemplo yo he empezado a usar el 8bitdo porque uso siempre que puedo la cruceta y la de ps esta partida, de momento de lujo pero me da unos minifallos que solo son apreciables en depende que juego.
Mi recomendacion siempre es un DS3, que los hay en todas las casas y sino en cualquier tienda de segunda mano por 2 duros como ya han comentado.
Venga!