Buenas, la fuente de tu equipo es bastante floja, dice tener 400W pero no aportará en realidad ni tan siquiera 300W de capacidad, creo que lo más probable es que sea la fuente la que no permite usar una tarjeta gráfica, en lugar de tener estropeada la ranura PCIE de la placa base (donde se instala la tarjeta gráfica).
Si cambias la placa base, esencialmente cambiarías tambien de ordenador por completo (exceptuando torre/carcasa y unidades), se entraría en un tema diferente a este inicial, porque tambien tendrías que comprar un procesador nuevo, actual y de primera mano, nueva memoria DDR3, una gráfica tambien actual de gama media al menos (si te interesan los juegos), nueva fuente, y tal vez un segundo disco duro si el tuyo fuera de 250 o 360Gb.
Al mismo tiempo, actualizar sólo el procesador (junto con la fuente) por uno mejor, manteniendo la placa base, a mi juicio es absurdo a menos que puedas conseguir un procesador Q9800 (creo que no hay más margen donde elegir) de 2ª mano a un precio muy bajo, 15 o 20€ a lo sumo. Antes que invertir 30 o 40€ en un micro un poco superior al Q9550, puedes subir la velocidad de este mediante un ventilador más eficaz que el que tiene de serie, por sólo 18€. (Cooler Master Hyper TX3 EVO), llegando a ganar hasta 300/400Mhz. Mayor rendimiento por menos dinero
La nueva fuente irá en función de la tarjeta gráfica que quieras usar y tambien -tal vez en menor medida- de tu presupuesto, te sugiero una fuente Nox Urano VX 650W (40€). Si tu intención es usar una tarjeta de gama media/alta (no le sacarías todo el partido con tu procesador), habría que elegir una fuente de más prestaciones, por ejemplo la AeroCool Templarius Imperator 550W (48/50€).
La gráfica que encuentro correcta para tu ordenador -siempre que te interese jugar- es una R7 260x de MSI o Gigabyte (sobre los 100€), modelos muy superiores como R9 270X o GTX 760, creo que no tienen sentido con tu equipo, porque como decía no se podrá aprovechar todo su verdadero potencial, aunque sé que hay usuarios que opinan lo contrario.
Saludos