A ver, gracias a FJTR que tuvo un mogollon de paciencia con mis preguntas, logré solucionarlo, asi que a ver si te ayudo, que es lo justo.
Es tan facil como que dentro de _system_ tengas una carpeta que se llame themes, tal cual, y dentro de esta, 12 carpetas con theme01, theme02... asi hasta 12. En cada una de ellas, metes los cinco archivitos que vienen con la skin, sobre todo no te olvides el .ini.
Y ya esta, sales al menu principal y le das a select y los vas cambiando manualmente hasta dejar el que mas te guste.
Espero haberte ayudado pIratepila
Un saludo