@Solinete Sí, algo así, tu la micro SD en la FPGA la preparas, hay una partición muy pequeña para el SO y lo demás es accesible a windows que es donde pondríamos digamos, los juegos, las utilidades.. etc; también tiene un script llamado update que te quita muchos problemas de encima.
La FPGA es como dices se convierte en la maquina que tu quieras, considerando que la maquina quepa en la FPGA, y también depende de la maquina, la NES ocupa mucho porque hay que replicar cada mapper que tiene.
Lo que ocurre es que la emulación tradicional funcional tal que así: "Hay como un hilo conductor (o más bien un buffer) donde la CPU va emulando cada parte, la pone en ese hilo conductor y cuando este todo preparado aparece el resultado, ese sistema hay que esperar a que la CPU emule todo y lo lance todo a la vez, de ahí que exista un LAG entre lo que ves y la reacción de la maquina emulada.
La FPGA se convierte en una replica de la maquina original, entonces todos los chips funcionan al unísono y todo se manda a la vez, sin necesidad de ningún buffer, de ahí que no existe ningún LAG aparente. El problema está que si implementas mal la replica puede que no funcione como la maquina original (errores gráficos), pero también puedes mejorarla, como hacerle un OC.
Saludos.