Algunas cosas que hay que aclarar:
1. MKV, MP4, GFLV, OGM, WMV, AVI, MOV, MPG, son "contenedores de video", un contenedor de video es una especie de caja donde estan metidos los componentes de imagenes en movimiento, el audio y si es el caso los subtitulos. Es a lo que llamamos llanamente "Archivo de Video".
2. DivX/XviD, h.264, h.263, WMV8, WMV9-VC-1, MPEG son algunos de los "formatos de video" mas usados mientras MP3, AC3, DTS, PCM, AAC, OGM, FLAC son alguno de los formatos de audio mas usados.
3. El contenedor Matroska-Video o MKV acepta video en formato h.254, DIVX/XVID entre otros y audio en AC3, MP3, AAC, DTS, PCM entre otros, el formato mas comun para audio y video en titulos de Alta Definicion es con AAC y h.264.
Ya con eso despejado hay que ver en que formato de video estan esos archivos MKV, seguramente estan en h.264 y este formato es lo mejor que hay en relacion PESO_ARCHIVO/CALIDAD_IMAGEN, el problema es que requieren mucho computo del procesador, a parte, hay mucho video en h.264 que esta mal codificado, el cual excede la configuracion requerida o necesaria el cual para su decodificacion requiere un uso intensivo del procesador por lo cual si es un procesador limitado en su poder de computo bruto, pues tendras video con saltos y desincronias con el audio.
Usa MediaInfo para ver como fue codificado el audio y video de ese archivo MKV, con esopodemos ver si es mas problema de version de codecs o es problema de un video mal codificado.
http://mediainfo.sourceforge.net/