Yo no te puedo decir cómo arreglarlo, lo poco que conozco de las radica es que llevaban grabado a fuego la región, así que es posible que la no tengan modo "NTSC" a partir de una placa Pal por la misma razón. Por lo que he visto sacan vídeo compuesto directamente de la CPU, no? si es así dudo que puedas hacer nada para arreglar el color.
Lo que sí te puedo decir es que cambiar un reloj por otro a pelo no sirve, el goac saca vídeo compuesto directamente y necesita el reloj correcto para codificar la señal de vídeo. Al cambiar el reloj lo que haces es que la señal de vídeo no se codifique bien, ya que sigue intentando generar una señal pal. Es normal que la consola vaya más rápida, pero tampoco estoy seguro que la velocidad que tiene sea la correcta. Las cpus en modo ntsc y pal creo que dividen la frecuencia de forma distinta, si no le avisas y cambias sin más el resultado tampoco es una megadrive a 60hz. Esto creo que lo comentó bertobp más atrás.
Siento no serte de más ayuda. Tengo una de estas consolas, le echaré un ojo por si hay algo que sirva, pero sin una manera de de decirle al encoder de vídeo que has cambiado el reloj por uno ntsc no sirve de mucho. Habría que separar el reloj de vídeo del de las CPUs, y ahora mismo creo que es imposible.
Como opción de reloj usaría múltiplos de 4.43, que era la frecuencia "base" de pal (el reloj original era de 17... MHz, que es 4.4e x 4, internamente se dividía por 4). Si quieres probar, buscaría un oscilador de 26.6017125mhz, algunos encoders pal lo soportan (por lo que he visto, algunas nes por ejemplo), aunque de funcionar la consola irá bastante dopada.