Vamos a ver. El parche de traduccion es exclusivo para la version usa del shenmue, por tanto es logico que te de el problema con el 1st_read.bin. Prueba a cambiarlo por el 1st_read.bin de la version usa aunque no se si esto funcionara(probablemente no te reconozca algun otro archivo).
En cuanto a lo de los parches, no se a que te refieres exactamente. ademas que yo sepa los programas de los que hablas son para cosas distintas. con el apply PPF aplicar parches en formato PPF que fueron creados para arreglar algun problema de alguna release, pasarlo a 60Hz, etc.
Con el GD fixer lo que haces el parchear los ficheros ip.bin, 1st_read.bin, etc para que un juego que has rippeado con el cable o bba funcionen al pasarlos a un cd (yo prefiero este programa al hack y similares, es mas comodo).
Lo de la grabacion, no tengo ni idea, pero mientras te funcione...