A ver, cosas absurdas pero bueno, que está bien comprobar:
1)Tiene la placa madre una grafica integrada? En este caso, supongo que la tendrás desactivada
2)Sobre-alimentación a la tarjeta grafica. Algunas placas madres (la mia es tambien gigabyte, 8nsli-pro y lo tiene) llevan un conector junto a la posicion pci-e para añadir alimentación para las tarjetas gráficas (ya se sabe que las nuevas necesitan mucha "chicha".
3)Aunque la placa sea 1.0 y la grafica 2.1, pueden ser compatibles. Esto miralo en las caracteristicas de la grafica, a ver si pone "PCI 1.0 compatible". Mi caso era parecido al tuyo, mi placa es pcie 16x 1.0 y la grafica 2.0 (9500GT), pero era compatible con 1.0
Por ultimo, buscando posibles problemas, a ver si puedes probar esa grafica en otro pc de algun amigo. tambien podrias probar otra grafica de alguien en tu placa madre a ver si todo funciona ok.