Pues seguramente los conectores de audio frontales no están conectados, si abres la tapa lateral de la torre lo comprobarás enseguida si ves que del frontal salen unos cables con terminales negros sin conectar en los que suele poner "ground", left" y cosas de esas. OJO, no confundir con los cables del USB (aunque es evidente por lo que dices que sí están conectados a la placa). Si tienes el manual de la placa base, y con el ordenador desenchufado de la corriente, te puedes atrever a conectarlos tú mismo a la placa base en los pins habilitados para ello.
Saludos