No se apaga del todo

Quiza hayas activado una funcion que sirve para que cuando se esta descargando algo y quieres apagar la consola solo la deja medio apagada pero funcionando aun para que pueda continuar la descarga, en el momento que acaba la descarga se apaga sola.

No, lo tengo desactivado.

También si dejas algún mando cargando se queda despierta hasta que se complete la carga.

Si no es lo que te ha comentado el compañero otra razón puede ser que tengas connectado un mando con el carga y juega. La consola se queda semi-encendida mientras recarga una batería.

¿Lo que tienes desactivado es la descarga automática o las "descargas de fondo" ?

Yo creo que es justo lo que te dicen los compañeros (descargas, carga y juega,...) . De todos modos en la configuración hay una opción para evitar ese "apagado a medias".

Sistema -> Configuración de consola -> Apagar -> Descargas de fondo (Lee la descripción ya verás como se parece a tu caso).

A mi eso me pasa cuando me dejo el mando puesto con el carga y juega, cuando lo quito ya se apaga del todo

Lo tengo todo apagado. Lo único que tengo conectado es el reproductor HDVD.