Revisa a ver si lo has puesto bien y la pasta termica tb, como dices deberian bajar las temps, y bastante si antes tenias el k viene de serie. Otra opcion es k la caja no este bien ventilada y de igual el disipa k pongas, si la temp de la caja es alta el disipador no hara bien su trabajo, aunke sea el mejor del mercado.
Esos conectores k dices k trae es para que gire mas despacio el ventilador, poniendolos solo subira mas la temp, como lo tienes directo a la placa esta bien. No se si los proces de 45nm siguen teniendo problemas con las lecturas de temperatura, me imagino k esa es la temp en idle (reposo), prueba a ponerlo al 100% con el intel burntest o sp2004 y a ver k temps coge.
S2