Yo tengo Mario Sunshine PAL con Qoob Pro en NTSC. Me parece raro que no te muestre el menú de 60/50 Hz. Si alcanzas a ver en la saltarina pantalla en blanco y negro una pregunta y dos opciones cuando cargue el juego, responde "yes" y presiona [A]. Si no ves la pregunta, manten presionado [B] apenas Qoob comience a cargar el juego, y espera a ver si sale.
Hay otro método. Suponiendo que tienes la Bios 1.3c, enciende la consola manteniedo [B] presionado. Ve a la opción "Configuration" y donde aparece "Video Mode (game)" pon "NTSC". Eso forzará los juegos PAL en modo 60 Hz. La mayoría funciona bien (eso mismo, la mayoría). Es posible que tengas algún problemita con juegos nativos de NTSC en esta configuración, eso es un bug de la Bios. Así que no es conveniente dejar este valor definitivamente, sino "AUTO".
Nota: No vayas a cambiar la opción "Video Mode (Qoob)", o si la cambias déjala sólo en "NTSC".
Saludos.