@Pellegrinix Bueno, como te han comentado la elección de un procesador depende del uso al que vayas a destinarlo.
Soy poseedor de dos Xeon X79 (plataforma anterior a la que deseas montar, que es X99), uno es el E5 1650 (6 nucleos, 12 hilos) y otro el E5 2689 (8 nucleos, 16 hilos).
¿Cual es mejor?. Depende.
Para jugar, el E5 1650, porque aunque tienes menos nucleos/hilos, los juegos no hacen uso de tantos nucleos y se impone la mayor velocidad en mhz de este.
Para ciertos trabajos de edición, como Photoshop por mencionar uno de los más conocidos, es mejor el E5 2689, pues si bien es cierto que trabaja a menor velocidad, al poseer 2 nucleos y 4 hilos extras consigue ventaja sobre el otro.
También te digo que pese a la diferencia de frecuencias, el E5 2689 no desmerece demasiado con respecto al otro. Haberla la hay, eso que quede claro. A corto plazo mejor un six-core altas frecuencias, a futuro probablemente el mejor sea el octacore. Pero ... ¿quién nos dice que estos procesadores vayan a durar sirviendo para todo durante toda su vida?. Si hablamos de juegos, ya hay unos cuantos de nueva hornada que necesitan instrucciones que los Xeon anteriores de la plataforma X58 no tienen. Con el tiempo, los X79 y X99 tendrán el mismo problema.
Lo primero que debes de tener claro es el objetivo del ordenador (diseño, jugar, edición ...) y en función a eso, elegir si quieres algo más de rendimiento inmediato o renunciar a un poco de ese rendimiento con vistas a un futuro en el que nadie sabe qué pasará. Yo por si acaso, y como los X79 están prácticamente regalados, me hice con los dos.
Hoy rinden maravillosamente bien. Mañana vete tu a saber, jeje.