Hola, que tal
Si me permites voy a darte algunos consejillos de coloreado
Es que viendo lo que haces, ya me hago una idea de tus errores
Lo de separar la linea en una capa aparte es algo absolutamente innecesario,, te voy a explicar pasos mejores para trabajar con potorrochop.
A ver, primero escanea a 300 o 600 dpi, preferiblemente en color, luuego te vas a canales y trabajas sobre el canal de rojo, cambiando el brillo y contraste hasta que el fondo te quede blanco y con cuidado de no cargarte los detalles (tambien puedes trabajar con las curvas pero es algo más complicado, aunque los resusltados son algo mejores). Una vez acabado, mandas al cubo de basura los otros dos canales (azul y verde) y te vas Image/mode y lo conviertes de Multichannel, priemro a grayscale y después a RGB. Con eso tedrás una calidad de escaneo bastante buena.
Ahora creas una nueva capa y atencion, en la pestañita de el tipo de capa que es (te sale en la ventana de layers a la izquierda), cambias normal por multiply (o multiplicar). Este tipo de capas no se cargan las lineas negras, asi que haces la seleccion de la parte que quieras colorear y acuerdate de hacer crecer la selección un par de pixel o tres (select/modify/expand) y lo rellenas del color base que quieras. Ahora viene lo mejor, necesitamos darle volumen a ese color (yo suelo separar brilos y sombras en capas diferentes).
Bien creamos una nueva capa sobre la anteriior, esta ya puede ser normal y ahora la linkamos con la de color base pulsando ALT y pinchando enter las dos capas (en la ventana donde viene el orden de capas. Sabrás que ha dincionado porque la capa se coloca un poco a la derecha y sale una especie de arbol de flechas. Lo que has hecho es usar la capa de base de abajo como máscara de la de arriba. Bien, ahora puedes pintar lo que quierdas sin temor a salirte, no hace falta que seas tan fino con las selecciones, eso te dará mucha mayor velocidad al colorear, solo tienes que prefilar bien las selecciones en la parte de dentro del dibujo (parece complicado pero en cuanto lo hagas verás que es sencillo). Todas las capas que esten asociadas a la de abajo usarán esa como mascara de transparencia.
Acuerdate de poner diferentes cosas en diferentes capas de rellenado. es decir la piel, la ropa, etc. Es decir pones un color base para la piel y luego las capas de volumen de piel asociadas ael como te he explicado antes. Luego las de ropa con la suya las de pelo con las suyas. ASí si por cuialquier cosa te apetece cambiar algún tono es mucho más fácil.
Consejo, yo suelo darle los brillos al pelo usando el mismo color pero con la opción de color Dodge en efectos de capa (en vez de la normal).
Espero que te ayude, si tienes más dudas, pregunta