Bien, a ver si esto te sirve de algo (todo esto lo he aprendido del curso de EOL).
1º Suponiendo que ya has extraído todos los archivos del DVD a una carpeta de tu PC con el ISOBUSTER y que en el ISOBUSTER le has dado a "Copy tree-info to file-> LBA, full path", entonces tendrás todos los archivos desordenados en una carpeta y un archivo que te dice cuál es el orden. Este archivo se suele llamar FILELIST.txt
2º Abres el archivo FILELIST.txt con el WORD y le dás a Tabla->Ordenar. Verás que se te ordena toda la lista en función de los números de la primera columna.
3º Ahora abre el CD/DVDGen y el explorador de windows (en la carpeta donde están todos los archivos). Arrastra todos los archivos de la carpeta al CD/DVDGen.
4º Hora de ordenar: Dale a la pestaña LAYOUT y verás la lista de todos los archivos que acabas de arrastrar. Pues bien, mirándo al archivo FILELIST.txt que has ordenado con el WORD, tienes que ordenar toda la lista que aparece en la pantalla LAYOUT. No te preocupes por el número que pone delante de cada archivo, simplemente pónlos en orden, TODOS.
5º Ya está.
SUERTE!
CONSEJO Si antes de arrastrar los archivos al CD/DVDGen le hechas un vistazo al FILESLIT.txt y los vas arrastrando en orden, te ahorrarás mucho tiempo. No pierdas el tiempo entrando en los subdirectorios, estos arrástralos enteros y luego ya ordenarás los archivos que contenga cada uno.
Total, no cuesta nada y te aseguras que el juego no falle por esta tontería. 