Si los juegas mediante algún método "ilegal" no sabría decirte, yo tengo comprados varios juegos de la consola virtual y todos me van "prácticamente" igual que el original, tanto los juegos de nes como los de N64, si es una descarga legal vuelvelo a bajar porque puede que hayas tenido algún problema al descargarlo, incluso recuerdo que hubo versión de juegos que fueron modificadas posteriormente y nintendo dijo que en caso de problemas, se vuelva a hacer la descarga, una vez lo has comprado lo puedes descargar tantas veces como quieras.
Un saludo