el MKV no es un formato, sino un contenedor. Dentro de él puede haber infinidad de cosas, video, audio, subtítulos, y cada uno de ellos con su codec (h.264, x.264, DivX, xVid,...). Pasa igual que con el .AVI, dentro puede haber 40000 cosas (xvid, divx,...).
Un reproductor no lee ni deja de leer un MKV, sino una serie de codecs que están dentro de él. Busca en la web del fabricante, y si no soporta ese codec, te toca transcodificar el archivo y convertirlo a otro MKV que contenga un codec apto para tu reproductor.
Yo para evitar esas cansinidades me pillé uno DLNA por WiFi. Si el PC lo reproduce, lo reproduce el reproductor, y me dejo de andar grabando, que si este le lee, que si este no...