No se trata de ningún error, a ver si consigo explicártelo bien.
Los autónomos siempre pagan meses completos, por mucho que el alta se produzca el último mes del día en curso. Lo suele cargar el banco, el último día del mes al que corresponde.
Otra cosa es que se tramite un alta y, debido a que la Seguridad Social ya haya remesado la mayoría de los recibos de ese período, advierta a la persona de que le cargarán el mes del alta y el siguiente, durante el transcurso del mes siguiente. Eso es muy común en las altas iniciales y tu gestoría debería de habértelo advertido.
De todas maneras, tu banco te enviará las matrices correspondientes, en las que podrás comprobar a qué meses hace referencia. Si tienes cualquier duda, con esos justificantes, te pasas por una Administración de la Tesorería General de la Seguridad Social y les puedes preguntar.
Saludos.